Lima, 11 de Octubre de 2008
   
 
Biología Molecular: La Revolución del PCR

Pocos descubrimientos del complejo mundo científico actual pueden ser considerados realmente como revolucionarios. Sin embargo cuando ello ocurre, transformamos correctamente el modo en que trabajamos y pensamos. Aunque el progreso en las diferentes ciencias parece ser lento y su evolución resulta una letanía de "paso a paso", en el caso de la biología molecular ha sucedido lo contrario. Dicha disciplina ha sido afortunada con grandes cambios en tiempo relativamente corto. Uno de estos se dió a mediados de los 70' y produjo un gran número de descubrimientos, entre ellos: la identificación de enzimas de restricción , el desarrollo de vectores de clonación y la introducción de técnicas nuevas como el Southerm blot. Un segundo salto tecnológico ocurrió en 1985, con introducción de la herramienta con mayor aplicación el laboratorio clínico: la reacción de polimerasa en cadena, más conocida por sus siglas en ingles PCR (Polymerase Chain Reaction).

Esta, es una forma simple y especialmente muy rápida de multiplicar el ADN presente en diferentes muestras biológicas para posibilitar su identificación al permitir la obtención de millones de copias de una determinada secuencia de ADN. Esta tecnología ha revolucionado la investigación clínica y el laboratorio de diagnóstico. Cabe mencionar que esta reacción fué inventada y desarrollada por el químico Kary B. Mullis quien ganó por sus trabajos el premio Nobel de química en 1993. Las aplicaciones diagnósticas de esta tecnología se realizan en campos tan diversos como el de las enfermedades infecciosas (SIDA, Papiloma virus humano, Hepatitis C, Tuberculosis, Clamidia, Herpes, Malaria, etc.), en el estudio de enfermedades genéticas (enfermedad de Duchenne, fibrosis quística, etc.), oncología (oncogenes) o en medicina legal identificando paternidad o culpabilidad en líquidos biológicos, etc.

En el terreno del diagnóstico microbiológico de las enfermedades infecciosas no virales ,la PCR detecta directamente en diferentes tipos de muestras, patógenos tradicionalmente dificiles de cultivar tales como, Clamidia, Legionella y Micoplasma y/o aquellos que requieren de largos períodos para su desarrollo in vitro y/o que se encuentra en muy baja concentración en los líquidos biológicos como es el caso del Mycobaterium tuberculosis, enfermedad en la que muchas veces el tratamiento empírico tiene que iniciarse antes del diagnóstico definitivo, apoyádose únicamente en el cuadro clínico.

En el laboratorio, mediante el uso de PCR se puede identificar en una pequeña muestra biólogica al Mycobacterium tuberculosis, en tan sólo 4 horas, en lugar de las 6 semanas que toman las técnicas del cultivo convencionales con una gran sensibilidad y una especialidad muy similar.

En virología, esta tecnología nos permite identificar al agente infeccioso independientemente de su respuesta serológica, una gran ventaja en el diagnostico de enfermedades virales dónde los anticuerpos aparecen luego de un largo período de la infección y a veces en forma impredecible o en aquellos numerosos casos donde se quiere precisar si la presencia de anticuerpos es señal de infección antigua o activa como puede ser el caso del hallazgo de anticuerpos a Hepatitis C y la necesidad de precisar si el virus está presente o no, También es gran aplicación en el diagnóstico de enfermedad viral neonatal donde el diagnóstico serológico de la infección es generalmente enmascarado por la presencia de anticuerpos matermos circulantes.

Como se puede apreciar, las aplicaciones de esta novedosa técnica parece no tener limites pues en esencia, el proceso permite a los científicos encontrar una aguja en un pajar creando un pajar lleno de agujas.

Hoffman-La Roche Inc., Perkin-Elmer Corporation y Cis Bio International son los puntales entre las grandes empresas que disputan este creciente mercado de más de mil millones de dólares que está revolucionando la medicina, acelerando el diagnóstico y tratamiento del paciente.

En la actualidad ya se dispone de sistemas de identificación de Chlamydia trachomatis, Pneumocystis carinii, Helicobacter pilori , HIV Hepatitis C y sus genotipos, de Mycobacterium tuberculosis, Neisseria gonorrheae HTLV-I, HTLV-II, Papiloma virus y sus diferentes serotipos, Mycoplasma pneumoniame, Plasmodium Leishmania, etc.

En otro campo, grandes progresos, han llevado a la identificación de los defectos genéticos responsables de diferentes entidades. Entre ellas, tenemos la distrofia muscular de Duchenne y la fibrosis quística. En este último caso el gen causante fue identificado en 1989, y hasta entonces, no había información sobre la base bioquímica de la enfermedad.

Desde el descubrimiento del gen, numerosos estudios han aclarado la función tanto del producto genético normal como del producto genético defectuoso, responsable de la enfermedad.

El estudio genético por PCR se efectúa en ambos padres y pacientes para identificar el defecto y el riesgo de enfermedad. Existe una larga lista de mutaciones, algunas de ellas asociadas con grados de la enfermedad, con diferencias de razas, etc. La actual tecnología detecta sólo de 10 a 20 de las mutaciones más frecuentes causantes de fibrosis quística, sin embargo, otras múltiples mutaciones pueden ser responsables de la enfermedad.

También se ha introducido el uso de PCR para el estudio del complejo mayor de histocompatibilidad que son los antígenos HLA, especialmente, los de la región HLA-D conocidos en la actualidad como moléculas HLA de clase II.. Con ello, se puede realizar pruebas de paternidad y la identificación de tejidos.

El Fundamento del PCR

La reacción de la polimerasa en cadena (PCR) se utiliza con el fin de amplificar un segmento de ADN a través de una serie de ciclos repetitivos consitentes en tres pasos: El primero es la desnaturalizacion por calor del ADN de la bactena o virus o de alguna célula humana fuera el caso de la búsqueda de algún rasgo genético. Luego de desnaturalizado el ADN, se realiza la separación fisica de las dos cadenas (de acuerdo al modelo de Watson y Crick el ADN está formado por 2 cadenas complementarias) mediante la incubación de la muestra con alta temperatura (93 - 97 grados centígrados). Estas permanecerán separadas libres en la solución hasta que la reacción sea enfriada (35 - 4O grados centígrados) para permitir que los "primers '' o "sondas" (secuencias específicas complementarias que se añaden a la reacción) se unan a las secuencias blanco o buscadas y se realice la hibridización(segundo paso). El tercer paso consiste en la polimerización, elongación o extension del complejo (sondas + ADN ) mediante cambios cíclicos de temperatura repetidos un gran número de veces y por la acción de una enzima llamada "Taq DNA polimerasa" la cual es muy termoestable y es la que en buena cuenta ha permitido automatización del proceso PCR en una forma relativamente sencilla.

Nuestro laboratorio ha implementado las siguientes pruebas de las que daremos una breve explicación:
Principales Aplicaciones del PCR en el Laboratorio Clínico Roe
HVC (HEPATITIS C) y HVC (HEPATITIS C genotipo 1b)
La hepatitis C es un virus de tipo ARN, por lo cual es más dificil de manupilar debido a que el ARN es mucho menos estable a temperatura ambiente que el ADN. En un paciente en el que se sospecha el diagnóstico de hepatitis viral aguda no A - no B se debe realizar esta prueba aunque la prueba de anticuerpos a Hepatitis C (por ELISA de 3era. generación) sea negativa debido al período ventana que existe antes de la aparición de niveles detectables de anticuerpos a virus de herpastitis C. Se ha determinado que existen múltiples genotipos del virus de hepatitis C ( HVC) y entre ellos hay variaciones epidemiológicas, de pronóstico y de respuesta a la terapia con interferón. Es sabido que los pacientes con hepatitis C causada por el genotipo 1b no responden al interferón por lo que el estudio específico de este genotipo es también muy importante.
HIV-1 CUALITATIVO •HIV-1 CUANTITATIVO (CARGA VIRAL)
La detección de copias de ADN del virus en los linfocitos del paciente confirma el diagnóstico y la actividad de la enfermedad. La medida de la carga viral en una infección por el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) es fundamental para el seguimiento del tratamiento debido especialmente a la disponibilidad de nuevos tratamientos con resultados alentadores. Este estudio en cambio , se realiza en el suero y lo que se busca es cuantificar el ARN del virus HIV-1 circulante antes de entrar al linfocito y ser convertido en ADN por la transcriptasa reversa. El estudio de la carga viral es una modificación de la técnica de PCR y determina la cantidad de HIV-1 ARN circulante en los pacientes infectados asistiendo en predecir la progresión de la enfermedad y en establecer la respuesta a la intervención terapéutica. HPV(Papiloma virus humano) serotipos 6,11,6/18.
HPV 16/18 (VIRUS DEL PAPILOMA HUMANO)
Otro virus estudiado por medio del PCR es el papiloma virus (HPV) el cual se transmite sexualmente y es muy importante en la transformación cancerosa de las lesiones escamosas cervico-vaginales y vulvares. En Latinoamérica, el cáncer de cérvix es el principal cáncer de la mujer y por lo tanto, la detección de esta infección viral es un factor importante en la la prevención de este tipo de cáncer. Los tipos 6-11 están asociados a displasias de la mucosa del cuello uterino y a condilomas, mientras que los tipos 16-18 son asociados a displasias severas y cánceres epidermoides del cuello uterino siendo el período de latencia antes de la transformación maligna de 5 a 25 años.
Mycrobacterium tuberculosis.
El empleo de PCR para el diagnóstico de Tuberculosisi se basa en la amplificación del gen que codifica la proteína 65KD presente en el Mycobacterium tuberculosis a partir de diferentes fluidos corporales tales como sangre, LCR, líquido pleural, esputo, lavado bronquialveolar, orina y materiual biopsiado. Si bien esta técnica es mucho mas sensible que los cultivos, no es 100% específica, por lo que debe ser considerada como una prueba complementaria. La especificidad de esta técnica es afectada por diferentes factores, dentro de los cuales la muestra es uno de kis más importantes: la toma de muestra, su transporte, el tipo, los métodos de extracción de ADN, su conservación. También debe considerarse la importante carga bacterial presente y/o ka presencia de inhibidores de la reacción de PCR; por lo que, resultados falsos positivos y también falsos negativos son vistos. EL PCR-TB empleados al momento es un "PCR-nested". En últimos estudios se ha demostrado que el PCR-TB que usamos actualmente, puede identificar muestras con concentraciones de menos de 500 bacilos/ml, mientras que para identificar una muestra como positiva en una coloración de Ziehl Neelsen y/o auramina se necesita trabajar con muestras con concentraciones de más de 10,000 bacilos/ml.
Otras pruebas que se hacen actualmente en el Laboratorio Clínico Roe por esta novísima tecnología(PCR) que identifica directamente el patógeno circulando en el torrente sanguíneo son: HTLV-1 (virus "hermano" del VIH, y que produce un síndrome de parapesia espática) Citomegalovirus Clamidia Sp. Hepatitis B, carga viral (cuantificación de ADN circulante) Hepatitis C, carga viral (cuantificación de ARN circulante).
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